本科教务办公室

负责深圳大学深圳南特金融科技学院全日制本科生招生培养的日常教学教研事务，对口学校本科教学和招生部门等。

学生工作办公室

负责落实深圳大学深圳南特金融科技学院全体学生的日常管理服务工作以及辅导员日常工作，对口学校学生工作部（党委武装部）、校团委、心理健康教育中心等。

科研与研究生办公室

负责深圳大学微众银行金融科技学院全日制研究生招生培养等工作、落实全院科研组织及管理工作，对口学校研究生院、科学技术部、社会科学部等。

国际事务办公室

负责保障落实深圳大学深圳南特金融科技学院外事宣传工作及中外合作办学项目招生、特色文化活动等，协助学生工作办公室开展国际交换学生的校内日常管理等，对口学校国际交流合作部。

综合办公室

全面负责督办学院党政领导班子决议、调研协调全院师生关心问题等，落实全院发展规划、人事财务、合作办学、办文办会、后勤保障、制度建设等，负责学院党政会议、文秘综合、OA发文、院务信箱、安全运营以及调研沟通、联络协调、督促检查、建章立制、档案统计、保密等工作，对口学校党政办、纪委办（监察室）、组织统战部、宣传部、工会，人力资源部/党委教师工作部、发展规划部、计划财务部（招投标中心）、审计室、安全保卫部、信息中心、实验室和国有资产设备管理部、后勤保障部、发展基金会/校友联络部、图书馆、档案馆等部门。